营运届满四周年的南竿机场,启用至今也已将马祖主要对外交通,从以往的海运转为空运。据南竿航空站统计数据显示,由南竿往返台北、台中航线旅客运量2003年为143,850人次,货运量为251公吨。2004年为203,861人次,货运量为310公吨。2005年为190,504人次,货运量为296公吨。2006年为180,390人次,货运量为688公吨。2007年1月1日至23日止为8,043人次,货运量33公吨。营运四年旅客人次总计726,648人,货运量1558公吨。
这持续成长的载客数,也让南竿——台北航线在2006年立荣航空公司台湾各航线载客率高居第三,仅次于台东——兰屿及台南——金门航线,相较台湾本岛几条载客率较低的航线,离岛地区航线未来应该还是属于航空公司眼中的热门航线。